X染色体比Y染色体长得多. X、Y染色体的结构和常染色体有所不同,XY结构相同的区段是同源区段；X染色体上在Y染色体上找不到的区段是X染色体的非同源区段；Y 染色体上在X染色体上找不到的区段是Y染色体非同源区段,也就是X、Y染色体都有自己的同源区段和非同源区段.
