可以，但意义不大。
中介机构的审计也就是社会审计，社会审计主要是对账务处理的真实性、合规性进行审计，审计结论不是行政体制内部认可的法定依据。但也可以通过中介机构的审计，促进单位财务水平、内控水平的提高，从这个意义上讲，适当的请中介机构进行审计是有其积极意义的。除了请中介机构，请财政、审计机关的退休人员帮助审查，也可达到类似的甚至更好的效果。
行政机关的审计主管机关是各级审计机关，不光对单位财务处理情况进行审计，还将检查单位经济业务本身的合法合规性，甚至单位行政职能的发挥情况，审计机关所作出的审计结论也是有其特殊的法律效力的。
行政机关应该由审计局（署）来审计。
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