可以说显微镜跟纳米流式检测仪是没有可比性的，因为他们所检测的类别是不一样的。显微镜检测的是切片而纳米流式检测仪检测的是细胞分布，能更精细和全面的展现细胞内的数据。比如福流科技的纳米流式检测仪就采用了荧光检测技术，荧光标记的细胞或颗粒在激光激发下发出散射光和荧光的发射波，散射光和发射光被检测器获取，再经一系列滤光片、光栅处理去除干扰并将光信号经光电转换和放大后输入计算机，并由软件分析处理。
现代的流式细胞仪都可以同时测量10多个甚至更多的颜色。已经不再使用FL1，FL2这样的名称了。
而一些老式 的机器，由于装备的激光数量和检测器都很有限，比如BD calibur这款机器。最高配置也就是蓝色（488nm）和红色（647nm）两种激光。检测4种颜色（通道）。所以为方便起见，就命名为FL1,FL2, FL3和FL4。前三种由于蓝色激光，FL4用于检测红色激光所激发的荧光。其中FL1是检测绿色荧光的（比如FITC，荧光素或者绿色荧光蛋白），而FL2是检测橙色荧光的（比如PI染色）。
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