A、原子不是微小的实心球体，包括原子核和核外电子，故A错误；B、二氧化硫分子能保持二氧化硫的化学性质，但是单个二氧化硫分子不具有刺激性气味，故B错误；C、纯净的氢气在氧气中完全燃烧时生成水，是由同一种粒子构成的是水分子构成的；故C正确；D、离子是原子得失电子形成的，故D错误．故选：C．
