游戏《苍穹雷霆》故事发生在未来世界,在人类之中拥有被称为“第七波动(SEVENS)”的特殊能力的人开始出现的近未来的国家。该国处于具有日本风格名称的巨大复合式企业“皇神(スメラギ)”集团的统一管辖之下。该集团以号召“保护能力者”的名义将这些能力者加以强制收容、并在研究过程中进行非人道的人体实验。