南朝是大觉寺统，北朝是持明院统。南北朝对峙时期，自然各以自己为正统，称对方为“伪朝”，有一种说法是三大神器在谁手中谁是正统。当时三大神器在南朝手中，后来南朝将神器交还给北朝时将军足利义满曾经约定，以南朝帝系为正统。
德川幕府时期曾一度以北朝为正统，并承认两朝并立，但在德川光国开始编纂的《大日本史》中，却是主张南朝正统论，为南朝天皇立本纪，而把北朝五天皇降入列传，编写《大日本史》纪传时，不顾北朝是当时天皇的祖先，视其为闰统。只为南北朝合一时的北朝的后小松天皇立本纪，并将此前的北朝五主附入后小松天皇纪之首。其理由是以象征天皇权威的三种神器（镜、玉、剑）的所归为基准，在南北朝对立时，三种神器在南朝手中，故南朝应为正统。
到明治时代，因南北朝统一时，南朝让步的条件是恢复皇位的“两统（持明院系统和大觉寺系统）交替”，但北朝之后并没有履约。作为北朝后代的明治天皇迫于形式不得不宣布南朝为正统，北朝历代天皇不列入天皇代数，但天皇地位不变。
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