淀粉的含量、直链淀粉和支链淀粉的比例及支链淀粉的精细结构等决定着水稻的产量和稻米的品质，水稻淀粉合

（1）由图可知，AGPaes基因1通过控制酶的合成来控制水稻代谢过程，进而使水稻表现出低产．
（2）从图中可以看出，AGPaes基因2对应酶氨基酸数目比AGPaes基因1对应酶氨基酸数目多2个，表明AGPaes基因发生了碱基对的增添或缺失，突变为AGPaes基因2． A+T=54%，则A=T=27%，C=G=23%，一条单链中，G为22%，占DNA双链的11%，则另一条链G占双链23%-11%=12%，占另一条链的24%，则该单链C为24%，转录生成的RNA的G与之互补配对，占RNA的24%．
（3）①在杂交育种过程中，从F₂代起，一般要进行多代自交和选择，自交的目的是提高子代纯合子比例，获得需要的纯合子．
②每一代出现的基因突变数是：3.75×10⁴×2×10^-5×10⁷=7.5×10⁶． 
③一个种群个体数量下降会导致种群基因数量下降，即基因多样性下降．
故答案为：
（1）AGPaes基因1通过控制酶的合成来控制水稻代谢过程，进而使水稻表现出低产（淀粉含量低）的性状（或答基因通过控制酶的合成来控制代谢过程，进而控制生物体的性状）
（2）增添或缺失　24%　
（3）①多代自交和选择    获得纯合子
 ②7.5 x 10⁶  
③基因多样性