A、部分鲤鱼身上的标志物脱落，根据标志重捕法计算公式，可判断实验所得到数值可能会比实际数值偏大，A错误；
B、因为从试管中吸出培养液计数前没有震荡试管，吸取上层培养液，则实验所得到数值比实际数值偏小，B正确；
C、样方法调查蒲公英种群密度时，对于边界线上的个体应计数相邻两条边及夹角上的个体，若将样方线上的个体都统计在内，会使计算所得数值偏大，C错误；
D、调查某遗传病的发病率时应以社会群体为调查对象，若以患者家系为调查对象，计算得出的发病率会偏高，D错误．
故选：B．
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