F/A-18E/F是最新改型，E型为单座，F型双座。采用了隐身外形设计，包括原来的圆形进气道改为方形进气道，涂漆含有吸收雷达辐射的材料。改换更大推力的发动机，推力加力达9986公斤。
前机身延长0.86米，翼展加宽1.31米，机翼翼面增大9.29平方米，因此翼载减小；水平尾翼也有所增大，后掠角减小；机翼前缘边条面积增大了34%；机翼及机身的改进令空气动力性能有极大改善。
其主要特点是增大了航程、每侧机翼处增加1个外挂架，而且机翼内侧挂架的最大挂载能力提高到2400千克
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