番木瓜的地下害虫用杀虫剂、杀线虫剂淋头2～3次，前期每月1次；红蜘蛛用阿维菌素等杀螨剂每月喷叶1次，虫情多时要加喷。喷药时可加叶面肥、硼肥。烂头病用根腐灵、络安铜、王铜、多菌灵、灭病威等淋头3～4次，每月1次，病株加重药剂处理或涂秆；环斑花叶病通过杀灭蚜虫、喷防病剂、增加肥水、培育树体，提高抗性。花叶病株打顶，让木瓜慢慢成熟，基部或顶部的芽萌发。由于番木瓜几乎隔几天就要采收，所以在开花后使用的药剂都必须是低毒或无公害的。
