生态工程的基本原理可以从理论基础和实例这两个方面来区分。
物质循环再生原理
理论基础：物质循环
实例：“无废弃物农业”
物种多样性原理
理论基础：生态系统的稳定性
实例：“三北”防护林建设中的单纯林问题
协调与平衡原理
理论基础：生物与环境的协调与平衡
实例：太湖富营养化问题
整体性原理
理论基础：社会—经济—自然复合系统
实例：林业建设中自然生态系统与社会、经济系统的关系问题
系统学和工程学原理
理论基础有两个：
系统的结构决定功能原理：分布式结构优于集中式和环式结构 实例：桑基鱼塘
系统整体性原理：总体功能大于各部分之和 实例：珊瑚礁藻类和珊瑚虫的关系
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