从你陈述的情况看，首先，从程序上讲，死者亲属在两年后才来起诉你公司，已超过诉讼时效，所以你公司在这个层面上讲享有胜诉权；其次，从实体上讲，车主应该是挂靠你公司从事运输经营行为，你公司与车主签订有协议，你们双方签订的协议是有效的，责任应由车主自行承担，另外,对于交通事故，在车主没有赔偿能力的情况下，你公司可能承担垫付责任不是赔偿责任，但这也基于死者亲属在诉讼时效内对你公司提起诉讼才可以。
有可能超过诉讼时效，没见到你的详细资料，不好说。
青岛王律师
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