棉籽蛋白是采用低温条件下分步提油、脱酚，保证蛋白和氨基酸不被破坏，游离棉酚含量低《400ppm；普通棉粕一般是采用高温压榨，氨基酸破坏严重，尤其是蛋氨酸，棉酚含量通常也较高。目前棉籽蛋白做的最好的当属北京中棉紫光，是棉籽蛋白的创造者，后来跟风上的棉籽蛋白跟他的工艺不一样，不过也叫棉籽蛋白。
