从曹魏时期开始,道教逐渐分化为上层神仙道教和下层民间道教两个较大的层次。
曹魏时,太平道已随黄巾起义被镇压而衰微,五斗米道随系师张鲁之归顺曹操与移民北迁,到达曹魏本土,即今河南、河北一带。曹操、曹丕鉴于黄巾起义,害怕农民起义者利用宗教组织起来进行革命,便对早期道教采取了两手政策,一方面进行限制或镇压,另一方面又进行利用或改造。曹操将在社会上有影响的一些神仙方士,如左慈、甘始、郤俭等,召集到身边,既可以谋求养生方术以延年,又可以防止他们鼓动老百姓造反。因此,这时有很多门阀士族加入道教,遂促使道教发生了分化。
一方面吸收佛教和儒家文化因素,一方面逐渐系统的形成了理论体系,道教真正成为一门堪比佛教的宗派,就是这个时期。