A、隔离的作用是使不同种群的基因不能进行自由交流，A错误；B、地理隔离不一定导致生殖隔离，B错误；C、产生生殖隔离的根本原因是种群基因库间产生差异，C正确；D、生殖隔离是物种形成的标志，不同物种之间一定存在生殖隔离，D错误．故选：C．
