A、丙氨酸分子中含有碳原子、氢原子、氧原子和氮原子，A正确；
B、丙氨酸分子中碳、氢、氧、氮原子的质量比为：（12×3）：（7×1）：（16×2）：14=36：7：32：14，B正确；
C、蛋白质是由多种氨基酸构成的极为复杂的化合物，丙氨酸是氨基酸中的一种，每个分子中含有13个原子，C错；
D、丙氨酸分子是由不同种的原子构成的，在每种原子中，质子数等于电子数，所以丙氨酸分子中的质子数和电子数比为1：l，D正确．
故选C
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