做出来的结构是平面结构而不是正四面体结构是因为初始结构不合理，所以clean工具后自动弛豫到比较接近的局域能量最小结构。可以用选择工具选择相应的基团，通过旋转工具，平移工具把初始结构调整到四面体结构，操作不难，选中你金属下面两个有机体，旋转90度就可以了，之后再进行clean,多次操作会得到你的结构 。
