如果说是生物体内正常生理状态下，当然是基因在不同时间空间上的表达开放和关闭决定的。如果说是体外培养干细胞的诱导分化，则有不同化学物质，如不同组合的细胞因子通过模拟体内分子信号诱导干细胞分化。例如源自人胎盘脐带血的CD34细胞及(SCF、IL-3、IL-6和G-CSF)、(SCF、IL-3、IL-6和EPO)、(SCF、IL-3、IL-6和TPO)及(SCF、IL-4、FL、TNF-α和GM-CSF)的细胞因子组合的培养条件，体外进行向粒系细胞、红系细胞、巨核系细胞的诱导分化。
如果要人工定向确定可以通过调节干细胞培养液中的激素的含量来诱导其分化。当然这也是建立在对干细胞分化条件长期研究的基础之上的
这是由基因控制的，取决于基因地选择性表达。
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