A、pH=3的硝酸中c（H+）=1×10-3mol/L，pH=11的氢氧化钾溶液中c（OH-）=1×10-3mol/L，在室温下等体积混合后，pH=7，故A错误；
B、pH=3的盐酸中c（H+）=1×10-3mol/L，pH=11的氨水中c（OH-）=1×10-3mol/L，由于氨水为弱碱，则氨水过量，在室温下等体积混合后，pH＞7，故B错误；
C、pH=3的硫酸中c（H+）=1×10-3mol/L，pH=11的氢氧化钠溶液中c（OH-）=1×10-3mol/L，在室温下等体积混合后，pH=7，故C错误；
D、pH=3的醋酸c（H+）=1×10-3mol/L，pH=11的氢氧化钡溶液中c（OH-）=1×10-3mol/L，由于醋酸为弱酸，则醋酸过量，在室温下等体积混合后，pH＜7，故D正确；
故选D．
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