除了可能有常见的感染、出血、切口裂开等并发症以外，阴茎背神经阻断术如果切断的阴茎背神经分支过多，则容易导致并发症增加，如阴茎麻木、勃起功能障碍(ED)等。一般情况下，阴茎背神经部分分支切断并不影响勃起功能，但可能造成阴茎麻木、感觉明显缺乏等，会使阴茎反射性勃起的功能减退，影响到阴茎勃起功能。因为老年男性本身易患ED， 所以该手术不适于老年人或合并ED的早泄患者。
