A、基因突变可能导致其控制的性状发生改变，A正确；
B、噬菌体增殖的模板是由噬菌体自身提供的，细菌提供了原料、酶、场所等，B正确；
C、在100个子代噬菌体中，含有31P的噬菌体共有2个，只含有32P的噬菌体共有198个，其比例为1：99，C正确；
D、噬菌体的DNA含有10000个碱基，其中腺嘌呤占全部碱基的30%，则A=T=3000，G=C=2000．在噬菌体增殖的过程中，DNA进行半保留复制，200个子代噬菌体含有200个DNA，相当于新合成了199个DNA，至少需要的鸟嘌呤（G）脱氧核苷酸是199×2000=398000，D错误；
故选：D．
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