上半年缴纳的所得税1万是不是应该退回或者抵扣以后年度的所得税?
是的。
你们的企业未变，只是税务的征收方式和征收地点改变了。所得税是季度预交，年度汇算清缴。上半年交的所得税不是最终结果，而是预交，年底汇算清缴时应多退少补。至于是退回还是抵减以后的所得税，由税务说了算，可以与他们沟通一下。
这种情况税务有没有此类问题的相关文件啊？？？
没有法律性文件，一般以通知方式规范与告知，由各地省局下发。
向税务写申请说明情况？
申请说明只要写企业基本情况（名称、注册地址、注册资金、经营范围、法人姓名等）；2013年经营情况（收入、成本、费用、利润、纳税）；税务关系转移的原因；申请退还上半年预交的所得税。
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