为什么中国古代知识分子不重视自然科学？

这是和东方人传统的思维相关，东方人不擅长对于深沉东西的挖掘，如宏观、微观。对这两种事物不懂得去观察，那就注定发展不了对于自然的科学体系研究，比方宏观：无穷级数、多维空间、大爆炸前；微观：细胞、夸克、反质子。
古代知识分子想得就是考取功名，那时统治者高层崇尚孔孟之道，孔孟可是瞧不起奇淫技巧的，所以统治者也就没引起重视，自然也就没有多少知识分子去研究。
古代中国的技术在世界上的确优先其他国家，但在狭义科学(自然科学)方面没有多少建树。狭义科学的基础就是要在实验室进行完善理论，得出相应定律定理。但古代中国少有这样的机构，炼丹室是宫廷的，而且性质是给皇帝提供长生不老，虽然也有炼丹师发现相应的化学反应，但没能推广。物理学也曾经有过墨家的辉煌，但后来被儒家逆袭。

中西文化不同导致的。科举制度使得中国古代知识分子削减了脑袋背四书五经八股文，迷信祖宗法则；
欧洲文艺复兴后，人性回归，独一真神的信仰使得人们认识到这个宇宙存在真理，于是科学逐渐发达。

因为古人将学问分为道和术，自然科学被认为是术数，比起治国平天下的治国之道来讲是低一级的学问，所以不被重视。

鼓励百姓相信自然科学，等同于搬起石头砸自己的脚！

世界第一本医学书籍《黄帝内经》，中国人写的。
世界最大的百科全书《永乐大典》，中国人编的。
世界第一个使用火药武器装备军队的国家，中国。
世界第一个建立全火器的部队的国家，中国。
世界最早进入铁器时代的国家之一，中国。
世界最早进行远洋航行的国家之一，中国。
宋代沈括官居三品，写《梦溪笔谈》介绍科学知识。
元代郭守敬官居三品，主持世界第一次子午线测量活动。
明代徐光启身为内阁大学士，官居一品，亲自翻译《几何原理》。
祖冲之、宋应星、李时珍、徐霞客都是知识分子。
没有科学，中国如何建造巨舰组织郑和舰队？
没有科学，中国如何制造枪支大炮组成神机营？
所以，楼主是从哪里得出中国古代知识分子不重视自然科学的结论的？

不要把清朝一个朝代的过错强加到整个中国古代史的身上。