湖南省有色地质勘查局二总队实行队长负责制，机关设置行政办、党群办、总工办、财务科、经营管理科、工程安全科、后勤服务中心等七个管理部门；另有地质勘查院、湖南湘江工程建设有限公司一分公司、湖南有色地质建设工程有限公司、双峰包金山金矿等二级单位。
