双方户口不在一起，起诉重婚罪应当在被告人户口所在地法院起诉。
重婚案件作为自诉案件应由基层人民法院管辖，刑事案件由犯罪地的人民法院管辖。如果由被告人居住地的人民法院审判更为适宜的，可以由被告人居住地的人民法院管辖。犯罪地是指犯罪行为发生地，而对于重婚罪而言，所谓犯罪行为发生地应是共同居住地，但一般很难直接举证犯罪嫌疑人的共同居住地。据此呢，受害者也可以选择由被告人居住地的人民法院管辖。
《刑事诉讼法》第24条规定：“刑事案件由犯罪地的人民法院管辖。如果由被告人居住地的人民法院审判更为适宜的，可以由被告人居住地的人民法院管辖。
对方户口所在地
在当地法院
法院
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