A、图中共存在4对基因，但只有3对是等位基因，A错误；B、图中甲染色体上含有一个双链DNA分子，而双链DNA分子中，碱基之间的配对遵循碱基互补配对原则，且互补配对的碱基两两相等，因此甲染色体上的碱基数肯定是A=T、G=C，B正确；C、控制茎高和花色这两对相对性状的基因位于同一对同源染色体上，它们的遗传不遵循自由组合定律，C错误；D、在该生物体内，甲染色体上显性基因控制的性状定才能观察到，D错误．故选：B．
