欧根亲王号重型巡洋舰的困斗波罗的海

就在1943年1月，海军总司令雷德尔海军元帅提出辞职，接替他的是卡尔·邓尼茨。这对德国海军水面舰队来说是一个重大打击，面对希特勒“拆毁所有大舰”的咆哮，每一个水面舰队的成员都感到提心吊胆。“欧根亲王”号在这种气氛中迎来了它的第三位舰长：韦尔纳·艾尔哈特海军上校。
前往挪威的尝试失败后，“欧根亲王”号转而在波罗的海从事训练任务，没有参加“沙恩霍斯特”号驶往挪威的第三次尝试(这次尝试虽然成功，但也使“沙恩霍斯特”号最终命丧北角海战)。在邓尼茨对水面舰队的调整中，“欧根亲王”号被编入训练舰队，并担任旗舰，直到战争结束。
整个1943年剩下的时间和1944年上半年，“欧根亲王”号都在波罗的海执行索然无味的训练任务。其间可以称得上重大的事件只有两件：1943年秋天测试新的武器装备；1944年1月6日迎来了新一任舰长，也是最后一任德国舰长汉斯-约尔根·莱尼克海军上校。
1944年6月，随着德军在苏德战场节节失利，原本远离战场的波罗的海也嗅到了越来越浓的硝烟味。于是，隶属于训练舰队的“欧根亲王”号重巡洋舰、“吕佐夫”号袖珍战列舰和第六驱逐舰队被抽调出来，组成第二特遣舰队，由海军中将提尔指挥(也称为“提尔特遣队”)，负责支援波罗的海沿岸德国陆军的作战。
6月19日，阔别战场2年多之后，“欧根亲王”号和两艘鱼雷艇一道前往芬兰湾，支援芬兰前线的防御，同时也对德国的“小兄弟”芬兰施加压力，确保它不会因为苏军的强大攻势而退出轴心国集团。但由于一直没有合适的参战机会，德舰一炮未发，又于27日返回格丁尼亚。
8月19日，“欧根亲王”号沉寂了2年多的主炮终于又一次打响。该舰突入里加湾，在此后两天里炮击海湾南岸的图库姆镇，协助“北方”集团军群恢复了一度被苏军攻势切断的与后方的陆上联系。
战事一发便不可收拾，“欧根亲王”号从此变得越来越忙碌，不断地出现在波罗的海北部和东部的各个地方：9月13日，由于芬兰退出轴心国集团，掩护陆军在芬兰湾内的霍格岛登陆；9月20日，与第二特遣舰队其他各舰一起前往奥兰海，保证六艘运载“拉普兰”集团军重装备的货船撤出波的尼亚湾；随后直至25日，又掩护油船和货船从芬兰与爱沙尼亚撤回德国……
10月，苏联红军向梅梅尔(今克莱佩达)附近发动猛烈进攻，试图截断库尔兰半岛德军的后路。“欧根亲王”号奉命前往支援左右支拙的陆军，保住位于库尔兰的“北方”集团军群的最后一条陆上通道。从10日至15日，“欧根亲王”号和“吕佐夫”号以及三艘驱逐舰、四艘鱼雷艇用舰炮猛轰已冲到梅梅尔附近的苏军，德国军舰在这几天里发射了自服役以来最多的炮弹：11日和12日，“欧根亲王”号共发射633发炮弹；其后两天的数字是14日246发、15日368发。然而德国海军近乎疯狂的炮火支援并没能挽救失败的命运，库尔兰半岛的德军最终不得不接受被切断与本土陆上联系的现实。
10月15日，“提尔特遣队”撤往格丁尼亚。但也许是受失败感染，“幸运战舰”这一天再次遭遇不幸，弥漫在海上的大雾影响了军舰的视线，“欧根亲王”号的舰首结结实实地扎进了“莱比锡”号轻巡洋舰的舰体中部，几乎把对方截成两半。两艘军舰就这么卡在一起飘浮在波罗的海的水面上，损管人员紧急出动，14个小时后才成功地把它们分开，幸运的是在此期间始终没有遭到敌人的攻击。这次碰撞给“欧根亲王”号带来的是半个月的修理，而“莱比锡”号则要悲惨得多，它从此没能恢复正常，只好作为浮动炮台使用。
11月下旬，困守瑟尔韦半岛(位于萨列马岛南端)的德军战线吃紧，“提尔特遣队”再次奉命救火。20-21日，离开船厂还不到半个月的“欧根亲王”号带领三艘驱逐舰和四艘鱼雷艇又一次满负荷使用了他们的主炮，两天之内，德国重巡洋舰发射了514发203毫米炮弹。但这几百发炮弹却无法阻止覆灭的命运，23日，苏军攻克瑟尔韦半岛。
由于德国空军被迅速削弱，已经无力为陆军和海军提供空中掩护，德国军舰不得不面临严峻的空中威胁。趁着12月份波罗的海沿岸战场难得的平静，“欧根亲王”号进厂改装，加装28门40毫米和20毫米高炮，大大增强了防空能力。