这个问题太难回答了。就好像问你“中文里有哪些字不常用"一样的。日语汉字是中文汉字转变过去的,有些就是中文繁体字样。中文博大精深,日语自然也吸收了些精华,所以也会很多不常用的,只能靠你自己多多学习了。
汉字,除了常用(当用汉字)的都是不常用的。