你问题是收入成本怎么确认还是税收怎么计算，这是两个概念
1、收入和成本的确认是根据会计准则来的。
如果收入款项已经确认，收入即可确认；成本，即使没有开票，只要相关数字能够确认就可以确认成本。
2、税收是根据税法来计算的。
税法规定只要收到对方的款项就必须纳税，当年度会计上主营业务税金及附加理论上应该按照已经确认的收入计提，但是，汇算清缴时一般是按照收到款项开票的数字缴纳税金。所以，汇算清缴和会计账目是有一定差额的。这就是税法和会计的差别。
另外，税务部门不是不喜欢，而是根本不会退税的。如果汇算清缴的数字大于会计的数字，会将差额部分转入下一年度，作为抵减项目；如果小于，就必须补交。
关于审计报告，汇算清缴时一般税务部门会要求提供审计报告。
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