1779年1月17日,决心号和探险号又回到了夏威夷的基拉凯卡湾。库克再一次登上了夏威夷的土地,这时意想不到的事情发生了。恰巧在当地人庆祝马卡希基节日(Makahiki),库克被以为是神明拉农(Lono),他们受到了夏威夷人的狂热欢迎,夏威夷人把红布披在库克胸上,把椰子汁涂满了他的全身,并在他的周围载歌载舞,他们受到了顶礼膜拜。同时,夏威夷还把大量的猪肉和蔬菜送给了探险队,当地妇女给水手提供免费的性服务。 这之后,戏剧性的事情接二连三地发生了。当库克他们在这里修理船只期间,岛民的礼物源源不断地送来,根本无法阻止。因语言不通,阻止很可能导致冲突。显然这里不能久呆,于是库克匆忙下令离开此地,否则岛民将变得异常贫困,他们把仅有的一点东西都送给了探险队。 可是刚启航不久,海上便起了大风,船帆让风撕开了好几个口子,一根桅杆也给吹折了,这样库克又只好下令重回基拉凯卡湾进行修理。可一回到岛上,他们便发现情况有了很大变化。岛上的土著再也不来欢迎他们,而且用敌意的眼光看着他们:原来是因为一位船员去世,土著们了解到库克并非神明,之前虔诚狂热的信仰遭到沉重的打击,转成为愤怒。为了安全起见,库克没有让船员们马上登陆。可土著们居然开始偷他们的东西,这令库克很头疼;13日夜间,探险号上唯一的一只小艇也让土著给偷走了。库克大怒,第二天便带领一批海员冲上岸去,想抓夏威夷王为人质,换回小艇。这一下激怒了土著,他们在河滩上集结起来,以石块和棍棒作为武器向库克他们扑来。情况十分危急,库克开枪打死了一个土著,试图压住土著的攻击。但双方仍然是杀气腾腾。船上的探险队员也拿出枪来助战,为了不扩大事态,库克回头向船员喊话,命令停止射击。正在这时,一个土著忽然冲到他的背后,用长刀深深地戳进了他的背部,库克顿时落到水里,鲜血染红了他身边的海水。夏威夷人和探险队员们都为这突如其来的变化惊呆了! 据说,共有4名水手和17个夏威夷人在这次混战中丧生,库克的尸体惨遭肢解。 几天后,库克船队的人马展开疯狂的复仇行动,岛上的原住民几乎被赶尽杀绝。 库克牺牲后,船员们继续了他的未竟之业。再次北上白令海峡,进入北冰洋;后来取道好望角回到了英国。库克的死讯传到英国时,举国上下沉浸在一片悲痛之中;英王乔治三世失声恸哭,为失去这样一位曾为大英帝国立下汗马功劳的伟大探险家而悲痛不已。库克,这位杰出的探险家以他辉煌的业绩永垂青史。 (还有一种说法,在他的第三次航行到太平洋,他被包围在夏威夷的沙滩由一群僵尸,他已经被误认为是祝福晚会,除此,还有麦哲伦,他死于僵尸在菲律宾)