看一下config.err文件,是怎么个错法。我也曾经遇见过,我当时的原因印象中是在configure对gcc进行测试的时候用到了windows的环境变量,跑到了windows目录下,这种情况下再以linux方式访问cygwin目录会报找不到文件,测试错误。在cygwin中去除了一些windows相关的环境变量解决的。
与其在这里大海捞针找答案,不如就按错误提示,把config.err发送回mplayer