A、结构对称，正负电荷的中心重合的分子属于非极性分子，如CO2是由极性键构成非极性分子，所以全部由极性键构成的分子不一定是极性分子，故A错误；
B、非极性分子中可能含有极性键，如甲烷属于非极性分子，分子中的C-H键属于极性键，故B错误；
C、离子晶体含有离子键，也可能含有共价键，如NaOH是由离子键构成的离子晶体，晶体中O与H之间形成共价键，故C错误；
D、分子晶体是分子间通过分子间作用力结合形成的分子，晶体中一定没有离子键，故D正确．
故选D．
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