作为大的分类，从众酵素类分为分解系酵素”和“合成系酵素。比如说，将蛋白质分解成能被吸吸收（那样）大小的氨基酸，通过分解系的酵素和吸收后的氨基酸来合成自身身体所必需的蛋白质，这些都是根据酵素来进行的。但是，为了区分生体内和生体外被使用的酵素，称在生体组织内被使用的酵素为“代谢酵素”，称在肠胃内等生体组织外被使用的酵素为消化酵素，也可以说是为了方便起见。在生物化学上，分为酸化还原酵素、转移酵素、加水分解酵素、脱离酵素、异性化酵素和合成酵素等六大类。
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