两种保护主要都是用于接地故障的。根据系统运行方式的不同，中性点接地系统中主变的中性点是接地的，而中性点不接地系统中主变中性点要求不接地运行。零序用于前者的接地保护，而间隙零序用于后者的接地保护，一般还会辅以零序电压保护。至于保护的选择很简单，引出一个中性点接地刀闸的辅助接点即可判断。
有时这两种保护是并存的，如在中性点接地系统中，如果将主变中性点接地刀闸拉开时，主变零序电流保护就不起作用，这时主变间隙零序保护就承担起接地保护的重任了。原来两者共用一个ct，现已要求分开。
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