首先你说的蛋白质中的水分子，是蛋白质晶体结构中的结晶水吗？再说你提到的第二个问题。在进行动力学模拟的时候向水盒子中添加氯离子和钠离子一是为了起抗衡作用（即是模拟体系呈现电中性），二是为了模拟生理环境。（至少我知道的加如抗衡离子的目的是这两个，也可能有其他的目的。）需不需要加抗衡离子，要看你自己的体系是什么样的。DS的分子动力学模拟采用的是CHARMM力场，计算速度的话还是稍微慢一点的。采用分步动力学模拟（就是你说的平衡之后直接production run），这样便于在计算出错的时候来进行续算。要是用Standard Dynamics Cascade的话就是每一步都是程序自动去计算，出错之后就不能续算了。（尤其是用DS做动力学模拟的时候，如果是在WIN环境下，还是比较容易出错的。）动力学过程需不需要加热，各有说法。就看你自己的选择了。反正一般做的时候都会是加热，平衡，然后production的。支不支持并行，要看你的DS中动力学模拟那个模块装没装并行。另外在WIN环境下进行并行计算容易出错。
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