进入大学标志着默顿开始严肃地面对学术事务。来到哥伦比亚大学第一天后，默顿转入工程学院。除了完成像制图这样的工程课程之外，他还选修了哥伦比亚大学著名的当代文明课程、人文学科、萨缪尔森的经济学入门课、数学社会学研究生课程以及会计学、股票市场投资方面的课程。1966年默顿获得哥伦比亚大学工程数学学士学位，随即进入加州理工学院。在加州理工学院研究生学习的短暂的一年里，默顿积累了许多数学知识，而最有价值的东西是加州理工学院的办学方针，它要求学生以准研究的形式“参与”课题而不是被动地吸收知识。也就是在这一年，默顿作出一个“惊人”的决定：离开加州理工学院 也离开数学 去学习经济学。
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