A、线粒体内膜是有氧呼吸第三阶段的场所，与线粒体外膜相比，内膜功能复杂，蛋白质的种类和数量多，A错误；B、线粒体蛋白有的受细胞核基因控制，有的受线粒体基因控制，B正确；C、由B分析可知，C正确；D、线粒体中部分与有氧呼吸第二阶段有关的酶分布在线粒体的嵴上，D正确．故选：A．
