如果两家工厂的货装在同一个纸箱内，需要分开报关，需要进行以下操作：
1. 将装有这两家工厂货物的纸箱拆开，将其分成两个报关单，每个报关单对应一家工厂的货物。
2. 对每个报关单的货物进行准确的申报，包括品名、数量、价值等信息。
3. 根据海关要求，提供必要的证明文件，例如发票、装箱单等。
4. 确认海关对该类货物的相关要求，例如是否需要提供原产地证明、进出口许可证等。
5. 确保货物的申报信息与实际货物一致，避免出现任何错误或遗漏。
6. 在报关过程中，如有任何问题，及时与海关沟通并处理。
需要注意的是，不同的海关可能有不同的要求和规定，建议在申报之前先与当地海关确认相关要求。
如果你是要分开两单申报的话， 那么该纸箱必须拆开申报。不然申报件数一定会错误。
如果你有很多货物一起申报的话，不单单是一项型号的话， 那么可以在一个单里边不体现混装的这个件数，另外一单申报1件。这样也是可以的...
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