按新税法规定，9月份内如果发放两次工资，应合并两次发放的工资，统一扣除3500元，计算个人所得税，

有的 看下这个
本次《个人所得税法》修改，对纳税人取得全年一次性奖金或其他各种名目奖金的征税未作修改，仍按原来的规定执行。纳税人取得全年一次性奖金，单独作为一个月工资、薪金所得计算纳税。先将雇员当月取得的全年一次性奖金除以12个月，按其商数确定适用税率和速算扣除数。然后分两种情形进行计算。雇员当月工资、薪金所得高于或等于《个人所得税法》规定的费用扣除额的，适用公式为：应纳税额=雇员当月取得全年一次性奖金×适用税率—速算扣除数。雇员当月工资、薪金所得低于《个人所得税法》规定的费用扣除额的，适用公式为：应纳税额=(雇员当月取得全年一次性奖金-雇员当月工资、薪金所得与费用扣除额的差额)×适用税率-速算扣除数。如：韩先生在某公司工作，2011年12月3日取得工资收入3400元，当月又一次性取得年终奖金24100元。韩先生因当月工资不足3500元，可用其取得的奖金收入24100元补足其差额部分100元，剩余24000元除以12个月，得出月均收入2000元，其对应的税率和速算扣除数分别为10%和105元。其计算公式为： 应纳税额=（24100+3400-3500）×10%-105=2295元。在一个纳税年度内，对每一个纳税人，该计税办法只允许采用一次。超过1次的年终奖金视同其他各种名目奖金，如半年奖、季度奖、加班奖、先进奖、考勤奖等，一律于当月工资、薪金收入合并，按《个人所得税法》规定缴纳个人所得税。

依据国家税务总局的文件精神以及政策解读，应合并9月份两次发放的工资收入，先扣除税法规定的三险一金（合计比例为23%），再扣除3500元后，余额（即应纳税所得额）按照新的税率表计算缴纳个人所得税

是这样的，计税本来就是按照实发月份来的

不是，如果2次中一次是8月份工资，那还是按以前交个所税缴纳个所税，9月份的按新税法交。如果合并在一起，金额大，交税的可能性大，假如2次交得工资分别是2000元和3500元，分开交那肯定不用交个所税，如果合并，按照新税法交个所税，那是{（2000+3500）-3500}×10%-105=95元，那还要交95元的个所税，那这位拿工资的员工肯定不乐意了！
国家的规定我在哪里看见是分开算税的，在哪我忘记了，如果再看见，我截图给你看看。
如果政府在这方面在如此黑得话，那肯定会引起公愤！！！

是的。