化肥增值如果是小规模纳税人，增收率为3%，如果是一般纳税人的税率为13%，但是增收方式不同，如果进货有增值税专用发票（可低扣），可能一般纳税人的税负还会更低些，税负为税的负担即增值税/销售收入。
另外一般纳税人是要经过有条后申请的，目前我国注册资本金超过500万含500万元的新办起业可以申请，另外一年内（累计12个月）销售额达到80万元以上（含80万）的企业强迫转入一般纳税人，因为我国的小规模纳税人是一种过度方式。
所以两种交税形式要根据企业自己条件先确定自己缴税资格才能确定缴税方式，有了确定的方式才能确定税率。
在2009年增值税全国转型改革正式实施后，根据财政部和国家税务总局依据条例规定，对增值税13%低税率的适用范围进行了必要调整。调整后增值税13%低税率的适用范围覆盖了21类货物。其他肥料属于增值税优惠税率范畴，国家为鼓励农业对农产品及用于农产品相关的农药、化肥、农膜等都实行13%的税率。
其他肥料属于增值税优惠税率范畴，国家为鼓励农业对农产品及用于农产品相关的农药、化肥、农膜等都实行13%的税率
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